Isso provavelmente está acontecendo porque o arquivo project.json do seu projeto é maior que o nosso limite de tamanho de arquivo de 5MB. O project.json é o arquivo que contém as informações sobre o seu projeto, inclusive todos os blocos.
Os arquivos project.json do Scratch 3.0 são maiores que os do Scratch 2.0. Portanto, se o seu projeto foi salvo pela última vez como um projeto do Scratch 2, carregá-lo no Scratch 3 vai fazer com que as mesmas informações ocupem mais espaço. Você não conseguirá salvar o projeto nessas condições, mas suas informações antigas ainda poderão ser visualizadas.
Para resolver o problema, você deve remover parte do conteúdo do seu projeto. Uma forma de fazer isso é usar clones para copiar atores ao invés de duplicá-los. Você também pode verificar se há algum bloco não utilizado no seu programa, como blocos que não estão conectados a uma pilha de blocos.
Sentimos muito se isso está causando inconvenientes.