これはproject.jsonファイルがファイルサイズ制限の5MB以上であるため起きている可能性が大きいです。 project.jsonファイルには、すべてのブロックを含むプロジェクトに関する情報が含まれます。
Scratch 3.0のproject.jsonファイルはScratch 2.0のものよりも大きいです。そのため、Scratch 2.0で保存されたプロジェクトをScratch 3.0で読み込むと、容量がより大きくなります。この場合、保存はできませんが、読み込みはできます。
これを修正するには、内容をプロジェクトから除去しないといけません。たとえば、スプライトを複製する代わりに、クローンを使うとよいです。つながっていないブロックなど、使われていないブロックがないか確認することもよいです。
ご迷惑をおかけして申し訳ありません。