Esto probablemente suceda porque su archivo project.json para su proyecto es mayor que nuestro límite de tamaño de archivo de 5 MB. El project.json es el archivo que contiene datos sobre su proyecto, incluidos todos los bloques.
Los archivos Scratch 3.0 project.json son más grandes que los archivos Scratch 2.0 project.json. Entonces, si su proyecto se guardó por última vez como un proyecto Scratch 2, cargarlo en Scratch 3 hará que los mismos datos ocupen más espacio. No podrá guardar en esa condición, pero sus datos antiguos aún serán legibles.
Para solucionar el problema, debe eliminar el contenido de su proyecto. Una forma de hacerlo es usando clones para copiar sprites en lugar de duplicar sprites. También puede ver si tiene bloques no utilizados en su programa, como bloques que no están conectados a una pila de bloques.
Lo siento si esto causa algún inconveniente.