Lamento que tenga problemas para abrir archivos de proyecto en Scratch Desktop. Existe un problema conocido en el que al hacer doble clic en un proyecto Scratch desde su sistema operativo, no se abre en Scratch Desktop como cabría esperar.
Sin embargo, si abre Scratch Desktop primero y luego elige "Archivo" > "Cargar desde su computadora" y elija su proyecto Scratch, debería abrirse bien.