Por vezes pode parecer que não conseguiu guardar um projecto com sucesso a partir do Scratch de Secretária, pois quando o tenta abrir no editor, ele aparece vazio. Isso deve-se a um erro conhecido que não tem a ver com o guardar do projecto, mas sim com a abertura de um projecto no Scratch de Secretária. Dar um clique duplo num projecto Scratch a partir do seu sistema operativo (ou abri-lo de outra forma equivalente) não o abrirá no Scratch de Secretária, ao contrário do que seria de esperar.
No entanto, se primeiro abrir o Scratch de Secretária, escolher «Arquivo» > «Carregar a partir do seu computador» e abrir o seu projecto Scratch, o projecto deverá ser carregado sem qualquer problema.